První zmínka o Komárově pochází z r. 1104, kdy údělná knížata moravská, Oldřich Brněnský a Litold Znojemský, darovala právě založenému benediktinskému klášteru v Třebíči pozemky na Luhu (Komárov se takto nazýval až do 14. stol.). Je velmi pravděpodobné, že se Benediktini na Luhu ihned usadili a založili klášter, který byl relativně veliký. V blízkosti situování dnešního kostela byla postavena kaple (r. 1133 – zasvěcena sv. Jiří). Pravděpodobně po r. 1197 postavili benediktini románský kostel a po r. 1200 bylo zde zřízeno proboštství. Tento kostel tvoří část dodnes stojící stavby kostela sv. Jiljí.
Představení – probošti – byli v té době nejvyššími církevními hodnostáři v Brně a nejbližším okolí a jsou uváděni v tehdejších dokumentech. V r. 1239 zde byla uzavřena mírová smlouva mezi českým králem Václavem I. a rakouským vévodou Fridrichem II. Bojovným a zpečetěna zásnubami Václavova syna a Fridrichovy neteře. Důležitost kláštera poklesla, když rostl význam o téměř sto let mladšího kláštera v Zábrdovicích, a potom zvláště v r. 1296 založené kapituly na Petrově.
Vrcholné období kláštera je možné datovat od poloviny 13. století do konce 14. století. Po době relativního rozkvětu za doby vlády císaře Karla IV. V době husitských válek nastal úpadek kláštera; po dalších uherských válkách poničené proboštství na Luhu zaniklo. Poslední probošt Štěpán Ettwan předal v r. 1527 všechno, co zbylo, petrovské kapitule s tím, že ho tu nechá dožít a zajistí mu živobytí na úrovni kanovníka (zemřel r. 1530). Zdá se, že ta se o kostel začala starat teprve v r. 1570. V r. 1590 je kostel označován jako zchátralý. Od r. 1575 zde kázal jezuita P. Bernard Koch (v té době se v Heršpicích usadila sekta novokřtěnců).
Je známo, že švédský generál Torstenson, který v r. 1645 po téměř 4 měsíce marně dobýval Brno, měl hlavní stan v Komárově na Královské louce, to je v místech dnešní konečné tramvaje.
Po Třicetileté válce duchovní správu u kostela vykonával jeden z petrovských vikářů – kaplanů, který v Komárově i bydlel. Matriky se vedou od r. 1747.
Na poděkování za uchránění Brna před Švédy konali Brňané mimo jiné každoroční pouť do Mariazell. Sraz poutníků byl na Královské louce. Během jejich čtrnáctidenního putování se tam Komárovští scházeli k modlitbě, přidávali se k nim příbuzní poutníků z celého Brna. Poutníky, kteří se vraceli kolem svátku sv. Jiljí, Komárovští vítali na Královské louce koláči a vínem. V r. 1722 zde byla postavena kaple jen trochu menší než kostel (slavily se zde mše na všechny mariánské svátky), modlitby se zformovaly do čtrnáctidenní pobožnosti a v r. 1779 dostaly výsadu plnomocných odpustků. Za Josefa II. byly poutě zakázány, kaple r. 1788 zbořena a na jejím místě postaven kříž (je nyní u kostela vpravo). Z vítání poutníků zůstal „Koláčový svátek“ – lidová slavnost Brňanů; v r. 1834 se ho v předvečer svátku sv. Jiljí zúčastnil císař František II. s manželkou. V r. 1996 byl v upravené podobě obnoven.
V r. 1784 byla zřízena samostatná farnost Komárov, ke které byly přifařeny i Černovice (dnes Staré Černovice) a Horní a Dolní Heršpice. Farníci byli převážně Němci, za 1. republiky přišlo hodně Čechů. Personální složení farnosti se nejen po národnostní stránce výrazně změnilo odsunem Němců a následným osídlením, koncem 20. stol. také výstavbou sídliště.